Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.19/ Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016 tanggal 29 Januari 2016, B2P2EHD terdiri dari Bidang Program dan Evalusi, Bidang Data, Informasi dan Kerjasama serta Bagian Umum.
1. Bidang Program dan Evaluasi
Bidang ini mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program dan anggaran penelitian dan pengembangan, pemantauan dan evaluasi, serta penyusunan pelaporan pelaksanaan kegiatan penelitian di bidang pengelolaan ekosistem hutan dipterokarpa serta peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan. Bidang Program dan Evaluasi menyelenggarakan fungsi :
- Penyiapan penyusunan rencana, program dan anggaran penelitian dan pengembangan di bidang pengelolaan ekosistem hutan dipterokarpa serta peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan;
- Penyiapan bahan pemantauan dan evaluasi serta penyusunan laporan kegiatan Balai Besar.
Bidang Program dan Evaluasi terdiri atas :
a. Seksi Program dan Anggaran
Seksi Program dan Anggaran mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, program dan anggaran di bidang pengelolaan ekosistem hutan dipterokarpa serta peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan.
b. Seksi Evaluasi dan Pelaporan
Seksi Evaluasi dan Pelaporan mempunyai tugas melaksanakan monitoring dan evaluasi, melaksanakan penyusunan laporan bulanan, laporan triwulanan, laporan semesteran, laporan tahunan dan laporan Akuntabilitas Instansi Pemerintah (LAKIP) Balai Besar, menyiapkan bahan koordinasi evaluasi program pembangunan tingkat Badan Litbang dan Inovasi dan menyiapkan bahan sintesis di bidang pengelolaan ekosistem hutan Dipterokarpa serta peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan.
2. Bidang Data, Informasi dan Kerjasama.
Bidang ini mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan dan penyebarluasan data dan informasi, perakitan dan pengemasan teknologi hasil penelitian dan pengembangan, penyelenggaraan perpustakaan, fasilitasi, perencanaan dan fasilitasi kerjasama penelitian dan pengembangan, pemberian dukungan administrasi pengajuan dan pelaksanaan perlindungan Hak Atas Kekayaan Intelektual (HAKI) hasil-hasil penelitian dan pengembangan, pengelolaan sarana penelitian dan pengembangan termasuk KHDTK dan Hutan Penelitian, serta penyiapan bahan saran kebijakan di bidang pengelolaan ekosistem hutan Dipterokarpa dan peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan.
Bidang Data, Informasi dan Kerjasama menyelenggarakan fungsi :
- Pengelolaan data hasil-hasil penelitian dan pengembangan, fasilitasi perakitan dan pengemasan teknologi, penyiapan bahan penyebarluasan informasi dan teknologi (iptek), penyiapan bahan saran kebijakan di bidang pengelolaan ekosistem hutan Dipterokarpa dan peningkatan kualitas dan laboratorium lingkungan.
- Penyiapan bahan perencanaan dan fasilitasi kerjasama penelitian, pemberian dukungan administrasi pengajuan dan pelaksanaan perlindungan HAKI hasil-hasil penelitian, serta pengelolaan sarana penelitian pengembangan termasuk KHDTK dan Hutan Penelitian.
Bidang Data, Informasi dan Kerjasama terdiri atas :
a. Seksi Data, Informasi dan Diseminasi.
Seksi Data, Informasi dan Diseminasi mempunyai tugas mengelola data dan informasi hasil-hasil penelitian dan pengembangan, menyiapkan data dan informasi untuk penerbitan statistik, memfasilitasi perakitan dan pengemasan teknologi, menyelenggarakan penyebarluasan hasil-hasil penelitian dan pengembangan melalui penerbitan publikasi, pameran, ekspose, lokakarya, gelar teknologi, temu-wicara, penyusunan dan penerbitan policy-brief serta penyelenggaraan perpustakaan.
b. Seksi Kerjasama, Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KHDTK) dan Pengembangan.
Seksi Kerjasama, KHDTK dan Pengembangan mempunyai tugas memfasilitasi pelaksanaan kerjasama penelitian, melaksanakan evaluasi dan pelaporan capaian/hasil kerjasama penelitian, pemberian dukungan administrasi pengajuan dan pelaksanaan perlindungan HAKI hasil-hasil penelitian, mengelola sarana penelitian mencakup laboratorium, green house, bengkel kerja, stasiun penelitian dan pengelolaan hutan penelitian serta pengembangan.
3. Bagian Umum
Bagian ini mempunyai tugas melaksanakan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, kerumahtanggaan dan surat menyurat. Bagian Umum menyelenggarakan fungsi:
- Pelaksanaan urusan keuangan, rumah tangga dan pengelolaan Barang Milik Negara;
- Pelaksanaan urusan surat menyurat, kearsipan, kepegawaian, organisasi dan ketatalaksanaan.
Bagian Umum terdiri atas :
a. Sub bagian Tata Usaha dan Kepegawaian.
Sub Bagian Tata Usaha dan Kepegawaian mempunyai tugas melaksanakan administrasi umum dan persuratan, melaksanakan pengelolaan sarana dan rumah tangga sehari-hari, melaksanakan pengelolaan administrasi kepegawaian, menyiapkan data pemutakhiran dan sistem informasi kepegawaian (SIMPEG) dan menyiapkan data penyusunan strategi pengembangan pegawai serta menyiapkan materi penyusunan kebijakan kepegawaian lingkup Balai Besar.
b. Subbagian Keuangan dan Barang Milik Negara.
Sub Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara (BMN) mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan keuangan dan BMN, melaksanakan penyusunan laporan pengelolaan keuangan dan BMN Balai Besar, menyiapkan bahan pemeriksaan/auditing pengelolaan keuangan dan melaksanakan tindak-lanjut/penyelesaian Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) lingkup Balai Besar.
4. Kelompok Jabatan Fungsional (Peneliti dan Teknisi Litkayasa).
Kelompok jabatan fungsional mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan. Kelompok jabatan fungsional tertentu yang terdapat di B2P2EHD adalah peneliti, teknisi litkayasa, pustakawan dan pejabat pengadaan barang dan jasa. Berdasarkan Keputusan Kepala Badan Penelitian, Pengembangan dan Inovasi No. SK.14/VIII-SET/2014 tanggal 28 Mei 2014, kelompok jabatan fungsional peneliti yang ada di B2P2EHD dikelompokkan ke dalam 4 (empat) Kelompok Peneliti (Kelti), yaitu Kelti Manajemen Hutan, Kelti Sumber Daya Hutan, Kelti Teknologi Hasil Hutan dan Kelti Sosial Ekonomi dan Kebijakan.